Амурская ГМА осуществляет подготовку терапевтов, хирургов, акушеров-гинекологов, педиатров. В вузе обучается около 1800 студентов по специальностям «лечебное дело» и «педиатрия» по программам додипломного образования.
В составе контингента обучающихся – жители Дальневосточного региона, иностранные граждане из ближнего зарубежья (Киргизия, Армения, Азербайджан и др.)и Китая. С 2003 года по целевым договорам принимаются студенты из Амурской, Сахалинской, Магаданской областей, республик Бурятия, Тува, из Еврейской автономной области.
Система послевузовского образования включает факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов (ФПК и ППС), отдел ординатуры и аспирантуры. В системе послевузовского образования по 17 направлениям в интернатуре и клинической ординатуре и по пятидесяти двум специальностям в системе дополнительного профессионального образования ежегодно обучаются свыше 800 врачей из Амурской, Сахалинской, Магаданской, Камчатской областей, Хабаровского и Приморского краев, Чукотки, более 200 врачей-интернов и свыше 100 клинических ординаторов. Более полусотни человек обучаются по 19 специальностям в аспирантуре.
В учебном процессе и научных исследованиях, организованных в соответствии с современными требованиями и технологиями, используются оригинальные методики. В академии функционирует многоуровневая система контроля качества обучения. Этот процесс координируют ученый совет вуза, центральный координационно-методический совет, предметные цикловые методические комиссии, деканаты факультетов. Клиническими базами обучения студентов и слушателей ФПК и ППС являются ГБОУЗ «Амурская областная клиническая больница», МБУЗ «Городская клиническая больница», ГБОУЗ АО «Амурская областная детская клиническая больница», МБУЗ «Детская городская клиническая больница», областной перинатальный центр, городские поликлиники №№1-4, женская консультация №1, Амурская областная инфекционная больница, Амурская областная психиатрическая больница, ФГБУ «ДНЦ ФПД» СО РАМН, областной онкологической, противотуберкулезный диспансеры, ОГБУЗ АО «Амурский областной кожно-венерологический диспансер» и другие, а также собственные базы Амурской ГМА - кардиохирургический центр и НПЛЦ «Семейный врач».
Амурская ГМА располагает солидной материальной базой – имеет четыре учебных корпуса общей площадью 21675 кв.м., библиотеку, музей, восемь общежитий, столовую, интернет-классы, спортивно-оздоровительный лагерь и базу отдыха «Медик», студенческий клуб «Родник», три спортивных зала и атлетический зал.
Профессорско-преподавательский состав Амурской ГМА - 268 человек, из них 42 доктора наук, 29 профессоров, 144 кандидата наук, 58 доцентов.
В вузе разрабатывается пять основных научных направлений: «Патология органов дыхания», «Адаптация человека в различных географических и производственных условиях», «Научные основы охраны здоровья женщины, матери, плода и новорожденного», «Физиология и патология сердечно-сосудистой системы», «Совершенствование методов профилактики, диагностики и лечения хирургических заболеваний и повреждений органов и систем». Тематика научных исследований преподавателей академии обусловлена актуальностью медико-социальных проблем сохранения здоровья людей в климато-географических и производственных условиях Сибири и Дальнего Востока.
Ученые и студенты академии стали обладателями грантов на проведение научных исследований, осуществление инновационных проектов.